Američki naučnici osmislili su novu računarsku metodu koja otkriva genetske obrasce u ogromnoj zbrci pojedinačnih ćelija u telu. Otkriće objavljeno u časopisu eLife biće korisno za otkrivanje obrazaca ekspresije gena za mnoge vrste bolesti, uključujući i rak. Metoda je razvijena testiranjem tkiva uzetog iz testisa miševa. Sa već dobijenim rezultatima, ista analiza već se primenjuje i na biopsije uzete od muškaraca sa nerazjašnjenom neplodnošću.
"Vrlo malo studija bavilo se pronalaženjem uzroka bilo koje bolesti, upoređivanjem merenja jednoćelijske ekspresije kod obolelih, sa istim merenjima kod zdravih osoba. Mi smo želeli da pokažemo da ta vrsta podataka ima smisla, i precizno smo odredili specifične nedostatke kod pacijenata sa nerazjašnjenom neplodnošću", naveli su autori studije sa Odeljenja za genetiku Nacionalnog istraživačkog centra u Oregonu. Oni očekuju da će nova metoda unaprediti polje takozvane precizne medicine, koja primenjuje individualno prilagođene terapije.
Istraživači iz Oregona napravili su ovaj iskorak koristeći nedavno razvijenu metodu Univerziteta u Oksfordu za prikupljanje podataka o ekspresiji gena iz masivnog niza pojedinačnih ćelija među kojima su čak i najsitnije biopsije tkiva. Ta metoda poznata je kao retka dekompozicija nizova, ili SDA (Sparse Decomposition of Arrays). Nova studija primenjivala je taj metod na 57.600 pojedinačnih ćelija uzetih iz testisa pet grupa miševa: četiri koje nose poznate genetske mutacije (izazivače oštećenja u proizvodnji sperme), i jednu koja nije imala znakove genetske neplodnosti. Istraživači su želeli da vide da li je moguće sortirati taj ogromni skup podataka na osnovu varijacija fizioloških karakteristika koje su rezultat razlika u genima izraženim u RNA (ribonukleinskoj kiselini) pojedinih ćelija. Otkrili su da je moguće “prečistiti” tu statističku zbrku, i sortirali su više hiljada ćelija u 46 genetskih grupa. Ovaj rad odmah će biti primenjen i na mušku neplodnost.
Kompletni tekstove sa slikama i prilozima potražite u magazinu
"PLANETA" - štampano izdanje ili u ON LINE prodaji Elektronskog izdanja "Novinarnica"